El Herbario del Museo Botánico -la sigla que lo identifica internacionalmente es CORD- cuenta con aproximadamente 400.000 ejemplares. Entre las colecciones recientes se destacan las relacionadas con la flora de Argentina Central (conocido como Herbario Hunziker, ya que se gestó bajo su responsabilidad) sin dejar de lado la importancia de las colecciones de familias relevantes como Poaceae, Solanaceae y Asteraceae procedentes del Nuevo Mundo.